En este momento ninguna de las especies de flamencos se considera en peligro de extinción. Sin embargo, muchos investigadores encuentran que lo que ocurre en nuestro entorno actual podría reducir su número de manera significativa en un futuro no muy lejano. A menudo es difícil contarlos debido a su diversa distribución. El hecho de que se van volando a nuevos hábitats también puede significar que no se contabilicen en absoluto, puesto que el mismo podría encontrase en varios lugares en muy poco tiempo. Por ejemplo, en 1924, el flamenco de James se creía extinto. Sin embargo, en 1957 fueron descubiertos viviendo en la Cordillera de los Andes y a lo largo de las zonas de Chile en grandes cantidades.
Uno de los mayores temores sobre su conservación es la propagación de enfermedades y toxinas, debido a que estos animales viven en colonias tan grandes. No pasaría mucho tiempo para que algo que mate a cientos o incluso miles de miembros en un período corto de tiempo. Para muchos investigadores es alarmante que una gran cantidad de flamencos hayan estado muriendo a lo largo del valle del Rift. Se cree que esto se debe a diversos tipos de bacterias y toxinas que se han desarrollado en el agua. Esto es a menudo el resultado de productos químicos, toxinas y la contaminación del agua causada por el hombre. La introducción de diversos tipos de industria y el escurrimiento de las aguas les ha afectado negativamente durante las últimas décadas.
El calentamiento global puede reducir el hábitat natural del flamenco al secarse las aguas, lo que provoca una reducción de alimentos o de la temporada de reproducción.
Recientemente, el flamenco andino ha ido disminuyendo en número por lo que ahora se clasifica como vulnerable. Se espera que con una intervención temprana se les ayude a obtener números suficientes para sacarlos de la lista.
En EE.UU. no hay ninguna especie que se considere en grave peligro. En las zonas de Chile, la Cordillera de los Andes y el Caribe existen leyes de regulación para limitar su caza. También desde 1918 han sido protegidos por la Ley de las Aves Migratorias.
También hay que tener en cuenta que los flamencos viven en entornos difíciles en los que la mayoría de otros animales no podrían sobrevivir por mucho tiempo. Cuando estos lugares tan difíciles se alteran las posibilidades de evolución y adaptación disminuyen.
El consenso general es que hay un menor número de flamencos del que había hace una década o medio siglo. Esto se debe a cambios en su hábitat, la caza mayoritaria, elementos humanos y factores ambientales. Por suerte su número en este momento no parece mostrar una gran amenaza para la supervivencia global de los mismos. No obstante hay que trabajar para frenar su declive y tomar medidas para prevenir cualquier desastre que los incluya.
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